La fecha de fundación de la hermandad es anterior a 1571. La Capilla de Vera+Cruz se funda en 1573 y la fundación de la Capilla de la Soledad en 1575, ambas en el Convento de San Francisco.

La fecha de reorganización de dicha hermandad es inmediatamente después de los sucesos del 36 e inicia sus desfiles procesionales en 1943.

La fecha de instauración canónica en la parroquia fue aprobada en 1954. Le fue renovada el 24 de septiembre de 1984 junto con la renovación de estatutos, estos estatutos han sido reformados y adaptados al nuevo estatuto marco para Hermandades y Cofradías del Obispado de Huelva en el año 2001. En octubre de 2006 se aprueba por el Obispado de Huelva algunas modificaciones realizadas en algunos capítulos acordados por el Cabildo General de Hermanos celebrado en julio del mismo año.

La Hermandad tal y como la conocemos hoy, se fragua entre 1941-42 y reorganiza en 1943, al amparo del nacimiento de una nueva Hermandad sin precedente histórico alguno y bajo el influjo de las hermandades de excombatientes fundadas en Huelva y Sevilla. Si bien la nueva cofradía del Cristo de la Victoria y la Virgen de la Paz, fue dirigida por un grupo de moguereños de alta sociedad que nunca reivindicaron un pasado bélico . Mientras que se adquirían las nueva imagen del Nazareno de la Victoria, sus fundadores deciden reorganizar también la antigüa cofradía de la Vera+Cruz

La Hermandad actual es el resultado de la fusión de las cofradías penitenciales con más antigüedad y solera de Moguer. Cuenta con una amplísima trayectoria no exenta de avatares que mermaron su existencia como: el terremoto de Lisboa, la invasión francesa,  la desamortización y los sucesos del 36,  a pesar de ello, aún perviven y resurgen gracias a un grupo de parroquianos apoyados por los sacerdotes de la Parroquia que impulsaron su reorganización, fundándose incluso una nueva cofradía, la de Ntro. Padre Jesús de la Victoria, María Stma. de la Paz y San Juan Evangelista que actualmente procesiona en la tarde del Miércoles Santo.

La residencia canónica de esta hermandad es en la Parroquia de Nuestra Señora de la Granada y su casa de hermandad es en la Capilla del Hospital del Corpus Christi, pero debemos de tener en cuenta que la cofradía ha residido y efectuado sus salidas procesionales a los largo de la historia desde los tres templos de Moguer por antonomasia. El convento de San Francisco, el convento de Santa Clara y la Parroquia. En el primero permaneció hasta 1836 cuando se produjo la exclaustración y se traslada  a la iglesia conventual de Santa Clara, con anterioridad a 1860 establece su residencia canónica en la Parroquia, aunque siguen saliendo las imágenes de la iglesia de San Francisco para ganar las gracias e indulgencias de la orden franciscana. En la actualidad la hermandad viene realizando sus estaciones de penitencia desde la Parroquia de Nuestra Señora de la Granada.